据《伦敦泰晤士报》报道，苏格兰场的警员们经过数月的秘密调查和潜伏，终于掌握了确凿证据，精心策划了一场针对黑衣组织的逮捕行动。在激烈的交火之后，那位以冷酷无情和神秘莫测著称的黑衣组织首领被苏格兰场重案及组织犯罪组的督察Rye击毙。黑衣组织因此受到重创，不得不转入地下活动。
不明真相的民众们因为正义得到声张而欢呼雀跃，甚至有人送锦旗和鲜花去苏格兰场，与警员们一同庆贺，并大肆吹捧、宣扬警员们的英勇与无畏精神。
然而，在血腥的地下世界一股暗流却在悄然涌动。听闻此事的其他势力开始蠢蠢欲动，试图摧毁黑衣组织填补权力真空，以此谋求更大的利益。但他们所不知道的是黑衣组织内部并未如外界猜想的那般动荡不堪，在一场以快止损的铲除内奸行动后，黑衣组织的权利架构与运营模式经由Gin的调整，比之前更加严谨、隐蔽，欲暂时蛰伏以待时机。
夜色渐深，城市的喧嚣逐渐退去。但在这片宁静之下，阴谋与背叛如影随形，一场更为激烈的较量正在悄然酝酿。
当太阳从地平线升起时，清风抚过街角的老式街灯发出昏黄的光，映照着晨起四处营生的行人们。远处一家花店门前透出温暖的灯光，偶尔传来几声低沉的交谈，为这晨曦将醒的城市增添了几分生气。
赤井秀一从漂亮的花店女老板手里接过一束白百合，他与老板点头道别继而转身离去，路两旁的煤气灯在将他的身形拉出一道长长的影子，仿佛在这一刻所有的过往与未来都重叠在了一起。
在他的身后，花店女老板望着他渐行渐远的背影，眼神中流露出一丝莫名的担忧。她在这里经营花店十数年见过太多人与事，她能察觉到这个男人身上背负着很多的秘密与使命，就像是一只在沙漠里流浪的孤狼在死亡的边缘疯狂的寻找猎物以求生存。
此时，城市的另一角，一位身着风衣的银发男子正站在三层建筑的天台上，俯瞰着这座渐渐从沉睡中清醒的都市。晨风轻轻吹过男人的发梢，遮住他那深邃而复杂的墨绿色瞳孔，他点燃一根香烟，深深吸了一口，随后缓缓吐出烟圈。
“大哥，一切已经准备就绪。”Vodka出言打断了Gin的沉思，在他身侧还并立着Vermouth、Bourbon、Calvados、Chianti等黑衣组织高级成员。
Gin俯瞰这座都市，眼神中透露出一种决绝与霸气，他深吸一口气，将剩余的香烟掐灭，然后转身离去，踏上了一条全新的充满未知与挑战的道路。他伪造自己的死亡并非是单纯为了摆脱苏格兰场的纠缠，而是他有更远大的目标欲要去挑战。
血之女伯爵和Rum背叛之事令Gin心生忌惮，他知道组织内还潜伏着自己不能完全把控的力量，外部的敌人也在窥觊着他的势力。如果他和工藤新一决定一生不离，这些势力就会从他的“弱点”下手，势必会对臭小鬼造成伤害。
Gin毫不畏惧敌人的挑衅，他如此决绝只为更好地保护新一。为此，他计划将黑衣组织的势力扩展至全球，在组织内部进行整顿完毕后，他打算将一些分散的地下团体纳入自己的麾下，同时派遣手下去各地搜罗关于其他敌对势力的情报，构建起一个更为庞大且难以撼动的地下帝国，让任何企图伤害新一的势力都望而却步。
相信在不久后的将来随着黑衣组织势力的不断扩张，全球各地的地下组织背后都隐隐有着黑衣组织的影子。Gin的黑暗之手将逐渐伸向世界的每一个角落。他就像是一个无形的帝王，在黑暗中操控着一切。
在英国郊外的一座知名墓地里，此刻正举行着一场庄重的丧葬仪式，墓地周围一片肃穆，前来送葬的人们皆面色凝重，双手合十默默祷告。
墓碑前整齐地摆放着一簇簇洁白的花束，微风轻轻拂过，带起几片花瓣在空中飘舞，仿佛是逝者被死神勾走魂魄正在带往天堂。
在祭奠人群最后面的西北角处，一位身着黑色西装、戴着墨镜的男童静静地站立着，他的身边站着一名同样装束的女童。
“前来参加自己的丧礼的感觉如何？”灰原哀侧目看向江户川柯南，她仿佛能穿透男孩冷淡的伪装，看到他隐藏在内心深处的真实想法。
“我无法解释自己身体的变化，在找到解药之前，这是最佳的解决办法。”柯南眼中闪烁着坚定的光芒，他做此决定是无奈之下最好的解决方案。如此不仅可以解决工藤新一消失不见的问题，他也可以趁机消失一段时间，与某个组织首领周游世界去领略一番异国风情。
时间回到几天前，黑衣组织的秘密研究室内，灰原哀小心翼翼的将自己研制出来的药剂放入仪器内，仪器启动发出轻微的嗡嗡声，淡绿色的液体在玻璃管中缓缓流动。灰原哀紧盯着各项数据，手指在操作台上不时调整着参数，额头上渗出细密的汗珠。经过数小时的紧张操作，仪器终于停止运转，她小心翼翼地取出那支新研制的药剂，眼中闪烁着复杂的光芒。
“工藤，我没有十足的把握，一旦失败，后果不堪设想。”灰原哀将药剂递给柯南，语气中带着一丝担忧，她只能保证失败的结果不会很令人难以接受，但无法保证这只药剂能让工藤新一的身体恢复原样。
“我相信你。”柯南接过药剂，毫不犹豫地仰头一饮而尽。他深知自己现在的处境，也明白这或许是唯一能恢复正常的方法。
随着药剂缓缓流入身体里，柯南紧盯着自己的手掌，生怕错过任何一个细节。然而十分钟、半个小时、一个小时过去后，他的身体始终没有发生任何变化，依旧是那副娇嫩得似乎能掐出水的孩童躯壳。
——失败了。
柯南和灰原哀两人虽然都没发声，但是他们的眼神皆在无声地诉说着难言之语。